20世紀90年代初，華東師范大學明確“正確定位，辦出師范特色”的辦學思想，提出走師范性與學術性相統一的道路。1995年，學校第九次黨代會提出今后的工作任務是努力探索學校綜合改革新路，把學校建設成為國內領先、國際有影響的社會主義師范大學。學校進入“211工程”國家重點建設大學行列。通過與上海市項目共建，實現部市共建共管、以上海為主的新體制。推進職前職后一體化的教師教育新體系構建，從單項改革走向更高層次的綜合改革。
改革校內管理體制。1993年初，學校開始實行校、院、系三級管理、以院為實體的管理體制，并以學院為單位開展專業、學科建設和改造，人員定編，工資總額動態包干，專業技術職務評審、聘任，實驗室建設和各項經費管理等工作。陸續建立了國際商學院、理工學院、文學與藝術學院、外語學院、環境與資源科學院、人文學院、化學與生命科學學院和教育科學與技術學院等八大實體學院。
改革教學管理制度。從1993年開始，學校改學年學分制為學分制，打破專業限制，拓寬學生知識面，全面推廣并逐步擴大主輔修制。加強特色與主干課程的建設，完善教材的配套改革，選出六門課程作為學校首批特色課程立項建設。設立大學生科研基金，設立教學改革基金，加強教師隊伍建設，實施“百人工程”，使各學科的人員梯隊漸趨合理。學校實施院士工程，1999年6月引進中國工程院院士喬登江到物理系工作。同年12月，陳吉余教授當選中國工程院院士，成為學校第一位當選院士的教師。繼1995年國家教委批準中文、歷史系為國家文科基礎學科人才培養與科學研究基地之后，又批準設立數學、心理學、地理學三個理科基礎學科人才培養與科學研究基地。同時生態學、教育學、世界歷史、世界經濟學被確認為上海市的重點學科。
改革招生、畢業分配制度。學校實行自主招生和非師范專業繳費上學的改革，實行畢業分配“中期改革”方案，較好地完成國家下達計劃的畢業生分配工作。在改革科研工作運行機制方面，學校提高科研專職編制的浮動比例，實行有償使用專職科研編制；加強科研經費的宏觀管理，調整科研經費分配辦法，鼓勵科研人員多接課題。在改革后勤管理方面，學校對部分服務部門進行招標承包，轉換經營機制，完善承包責任制,提高經濟效益。學校多規格、多層次、多渠道辦學，教育管理學院擴展培訓領域，與香港有關方面合作，聯合舉辦多期香港中學校長培訓班。成人教育拓展業務范圍，1993年學校建立全國第一個“成人教育”碩士點。高師師資培訓形成新特色，建立普通教育研究中心和一批普通教育研究基地，遍布上海多個區縣。學校轉換辦學機制，與上海市有關企事業單位實行項目共建，合作辦學。建立東方房地產學院、遠東國際金融學院、階梯學院、長江流域發展研究院、華夏學院、工商管理學院、華茂學院、銀行學院等。
1996年4月25日，我校通過教育部“211過程”部門預審，成為“211工程”建設高校
1996年，學校參與上海市師范結構調整。1997年9月，上海幼兒師范高等專科學校并入，成立學前與特殊教育學院。1998年9月，上海教育學院、上海第二教育學院并入之后，組建繼續教育學院和職業技術學院，開始構建職前職后一體化的教師教育新體系。
1996年4月，學校通過國家“211工程”預審，1997年5月20日，國家教委和上海市政府決定共建華東師范大學。至20世紀末，學校已有11個實體學院和若干非實體學院，學校在職教工4500余人，在校生近33000人，校園面積近1200畝。
